Plán jej napokon nevyšiel a kandidatúra v roku 1999 skončila neúspechom. Ako povedala pre Život, dnes už nie je nič unikátne, keď sa stane žena hlavou štátu. Problém však podľa nej nastáva, keď sa ňou stane kompetentná žena.
"A to mnohí muži zistili veľmi rýchlo, že naša pani prezidentka je veľmi kompetentná. A kompetentná žena je potom vo svojom úrade omnoho lepšia než akýkoľvek muž. My ženy musíme byť omnoho schopnejšie a viac vedieť ako muži, lebo tí nás inak nikam nepustia," upresnila svoj názor.
Zuzana Čaputová patrí v jej očiach spolu s Ivetou Radičovou medzi silné ženy. Svojou prácou na politickej scéne im podľa vlastných slov pootvorila pomyselné dvere. Vášáryová sa začala venovať politike po Nežnej revolúcii v roku 1989.
Na začiatku 90. rokov minulého storočia prijala ponuku prezidenta Českej a Slovenskej Federatívnej republiky (ČSFR) Václava Havla na funkciu veľvyslankyne ČSFR v Rakúsku. Vykonávala ju od apríla 1990 do januára 1993. Bola iniciátorkou a zakladateľkou Slovenskej spoločnosti pre zahraničnú politiku v Bratislave, ktorá začala činnosť 15. októbra 1993. Pôsobila v nej sedem rokov.
V roku 2000 sa vrátila k diplomacii, pôsobila na poste veľvyslankyne Slovenskej republiky (SR) v Poľskej republike. Poľský minister zahraničných vecí Adam Daniel Rottfeld odovzdal 18. februára 2005 vo Varšave slovenskej veľvyslankyni Magde Vášáryovej vysoké štátne vyznamenanie. Diplomatka si prevzala Komandérsky kríž s hviezdou Radu za zásluhy Poľskej republiky na záver svojej misie v Poľsku. Magde Vášáryovej prepožičal toto vyznamenanie poľský prezident Aleksander Kwasniewski za prínos k rozvoju vzťahov medzi oboma krajinami.
Od 21. februára 2005 zastávala funkciu štátnej tajomníčky Ministerstva zahraničných vecí (MZV) SR. Do tejto funkcie ju nominovala Slovenská demokratická a kresťanská únia (SDKÚ), ktorej členkou sa stala v máji 2005. Po parlamentných voľbách v roku 2006 sa stala poslankyňou Národnej rady (NR) SR za SDKÚ-DS, 12. decembra 2013 stranu opustila.
V súvislosti s parlamentom má nepríjemnú spomienku. "Pán poslanec Podmanický na mňa začal útočiť v zmysle, že som „len taká herečka“. Ja mám vyštudovanú filozofickú fakultu, odbor sociológia, teraz si robím doktorát na Karlovej univerzite v Prahe, ale tento človek si na mňa dovolil útočiť, čo sa mi stalo vôbec prvýkrát v živote," porozprávala a jedným dychom dodala, že dovtedy nič podobné nezažila.